به منظور گسترش و توسعه پژوهش و فناوری و انسجام بیشتر تحقیقات مرتبط با حوزه سلامت و همچنین جهت دستیابی به اهداف کوتاه مدت ودراز مدت در زمینه ارتقاء سطح سلامت در کشور بر اساس سیاست های کلان سلامت طبق مصوبه شماره ۵۰۰/۳۱۷۰/د شورای گسترش دانشگاه های علوم پزشکی کشور، پژوهشکده علوم بالینی جرجانی تاسیس شد. 
این پژوهشکده مجموعه ای ماموریت محور متشکل از ۴ مرکز تحقیقات (مشتمل بر مرکز تحقیقات گوارش و کبد، مرکز تحقیقات بیماری های عفونی، مرکز تحقیقات اختلالات ایسکمیک، مرکز تحقیقات ناهنجاری های مادرزادی) است که دارای اهداف و ماموریت مشترک در زمینه ارتقای سلامت می باشند. این مراکز، فعالیت های پژوهشی خود را به صورت انسجام یافته در راستای سیاست های کل پژوهشکده به انجام خواهند رساند و در ساختار تشکیلات آن جای دارند.

پژوهشکده علوم بالینی جرجانی در تاریخ ۱۴۰۳/۰۴/۱۳ موفق به کسب موافقت اصولی گردید.